1) Intendi come inserire la favicon? Basta agire manualmente nei file del tuo tema, cerca una guida in rete, c’è ne sono moltissime;
2) Puoi usare Widget Context;
3) Non te lo consiglio; è preferibile pubblicare gli articoli manualmente su G+ e Facebook, anche perchè altrimenti non li puoi ottimizzare;
4) Un plugin social? Anche qui hai solo da scegliere. Personalmente ti consiglio Social Warfare (anche in free version)
5) Statistiche delle visite? Non utilizzi Google Analytics sul tuo blog?
6) Wordfence ha il suo plugin apposito senza passare per Jetpack

Non è solo questione di javascript; le performance dipendono da numerosi parametri, ma sicuramente eliminando Jetpack ed utilizzando poche ma buone alternative, sei già sulla strada giusta. Ricorda inoltre, che se puoi a fare meno di qualcosa e farla manualmente, è ancora meglio